Se organiza mediante el llamado sistema de tríos. Así, grupos de tres países se encargan de fijar los principales objetivos comunes a alcanzar a medio y largo plazo. Cada país asume el cargo por un periodo de seis meses.
La presidencia rotatoria tiene dos cometidos principales: 1. Planificar y presidir las sesiones del Consejo y las reuniones de sus órganos preparatorios, y 2. Representar al Consejo en las relaciones con otras instituciones de la UE.